这主要是因为矿物质、杂质、鱼类的排泄物(实体，如粪便等)、化学物质(主要是自来水中的氯、消毒水及鱼类粪便所释放的「氨」)等造成的。除了化学物质之外，其余几项均会因与水的比重关系而沉积。理论上，这些比重大的物质在水中二至三个小时，便会全部沉至底部而使水质澄清。然而，对水质影响较为严重的还是水中的化学物质，有些化学物质是无色无味的，很难观察。所以为消除这些化学物质，厂家即出售一种称为「水质稳定剂的」的产品。这也是一种化学物品，它通过化学反应破坏水中化学物质的分子结构，让其毒性不能发挥。但相对的，即是化学物质，若使用过量也会造成对水质的伤害。所以应择量用之。一般的水若经过曝气过程，即使没有使用「水质稳定剂」，水中的有毒物质也会挥发掉。因此，除了雨天之后自来水厂加大氯气消毒量时，我会少量使用一些「水质稳定剂」，其余时间均是让其自然曝气即可。

正常的水换入鱼缸之中，依上述所言，应不会再有任何化学物质存在。然而，在水中的生物其实也是化学物品的最大制造者，其排放出来的排泄物中，含有浓度不低的「氨」，这种化学物质较为特别，会呈现黄色的色泽，是可见的，所以当水色黄化时，通常代表水中氨含量过高。硝化细菌会吸收这些氨，将其转换成较无毒性的硝酸根，而在弱酸性(Ph值在7以下)环境下则会进一步转化为无性的铵。因此，若水色一直无法澄清，带有些黄化，那表示您的硝化细菌不足，需要谨慎小心处理。